La construcción del monasterio fue acometida por Felipe II para conmemorar la victoria de la batalla de San Quintín (1557) y perpetuar la gloria de la monarquía hispánica y la grandeza de la Casa de Austria pero.... ¿Por qué se levantó el austero monasterio en este lugar que ocupa 35.000 metros cuadrados? Algunos historiadores hablan de un extraño suceso que vivieron en primera persona los especialistas que buscaban el emplazamiento: Juan Bautista de Toledo, Juan de Huete, Pedro de la Hoz y Juan de Colmenar. Según esta teoría, la comisión que trataba de localizar el sitio definitivo fue testigo de una atronadora tormenta que obligó a los vecinos de la zona a encerrarse en sus casas. Los buscadores siguieron inspeccionando el terreno y la acción de los relámpagos les hizo «comprender» que ese debía ser el lugar ideal. Otras leyendas aseguran que en esta zona se encontraba una «boca de entrada al infierno» por la existencia de galerías de unas antiguas minas y por la constante caída de rayos en la zona -uno de ellos cayó sobre la sacristía del monasterio- que causaban el pánico entre la población de los alrededores.

Dos enormes altares-relicarios, pintados por Federico Zuccaro, acumulan más de siete mil reliquias de santos y santas que proceden de distintas partes del mundo. Unas se compraron y otras fueron recibidas, como si se tratara de obsequios, aunque no todas son auténticas. Las reliquias de esta colección, la mayor del mundo en su época, fueron reunidas por Felipe II con su correspondiente certificado de autenticidad, entregado por obispos y priores, y las conocidas como «las auténticas» suman hoy más de trescientas. En el monasterio se hallaron reliquias de todos los santos con excepción de tres: San José, San Juan Evangelista y Santiago el Mayor.

Una de las reliquias más famosas es una porción del paño, adquirida por el rey en 1588, con el que la Virgen se habría enjuagado los ojos en la Crucifixión. Unos años después se confirmó la falsedad de la pieza, pero Felipe II quiso tenerla a su lado en 1596 cuando se encontraba muy enfermo, dos años antes de su muerte, porque al parecer le producía alivio en las partes afectadas por el dolor.

El Escorial, biblioteca, templo, centro de estudio, lugar de refugio y meditación, encierra un sinfín de misterios y enigmas que han atraído la curiosidad de historiadores y estudiosos de fenómenos extraños. Algunas pistas esotéricas se pueden encontrar, por ejemplo, en el comedor del monasterio donde es visible una línea divisoria que tenía la función de hacer de meridiano solar y doce signos zodiacales fueron empleados para marcar los meses del año.

En el Patio de los Reyes, donde se halla la última piedra del recinto colocada el 13 septiembre de 1584, sobresalen las estatuas de los seis monarcas de la tribu de Judea: David, Salomon, Ezequías, Josías, Josafat y Manases. La fecha no deja de ser curiosa porque también un 13 de septiembre, pero de 1598, fallecía Felipe II tras una larga enfermedad.

Por otro lado, en la enigmática biblioteca del monasterio, de 55 metros de longitud, se puede admirar la esfera armilar de Antonio Santucci, sostenida por cuatro misteriosas esfinges.

Gran parte del interés de Felipe II por la alquimia se basaba en el intento de recuperar su maltrecha salud y no tanto, como se ha dicho, por buscar la «piedra filosofal». Es por este motivo que la gran biblioteca del monasterio reúne toda clase de tratados relacionados con la alquimia, la magia y la astrología. Estos libros fueron catalogados como «prohibidos» y alguno de ellos como «Della Física», del alquimista boloñés Leonardo Fioravanti, estaba dedicado personalmente al monarca. Otro especialista inglés, Richard Stanihurst, recibió el encargo del rey de escribir una obra titulada «Toque de Alchimia» (1593) para distinguir a los auténticos alquimistas de los falsos y se cree incluso que este alquimista preparó brebajes y elixires para restablecer la debilitada salud del monarca. No se sabe a ciencia cierta si llegó a consumirlos. Lo que sí existe en la botica del monasterio son varios extraños artilugios de los alquimistas, muchos de ellos descritos por Jehan L'Hermite como la famosa «torre filosofal».

Felipe II ordenó que se le hiciesen varios horóscopos para descubrir más detalles de su vida. Uno de los más famosos fue el realizado por Matías Haco («Horóscopo Oficial o Prognosticón») en el que incluso interpretó la carta astral del monarca, con Júpiter como planeta dominante. Haco pronosticó algunos rasgos de la personalidad del monarca: frialdad, aridez, honradez, modestia y respeto; de agradable conversación y amable en el trato familiar; honesto con las leyes, amante de la justicia y la honradez. Argumentos y razonamientos de Matías Haco que, naturalmente, no podían crear ningún resquemor en el rey.

Se cuenta que coincidiendo con el arranque de las obras del monasterio un perro negro se paseaba habitualmente por el lugar. La leyenda continua incidiendo en los sucesos de la madrugada de 21 de junio de 1577, cuando los monjes, entre los que se encontraba el padre Villacastín, escucharon unos aullidos estremecedores. Por tal motivo la comunidad religiosa decidió colocar un collar en el cuello del perro.

Enterado Felipe II, el monarca quiso acabar con la vida del perro colgándolo en una de las ventanas del convento. Veintiún años después, cuando «el rey de negro» agonizaba, preguntó al padre Villacastín por el perro en cuestión, asegurando al religioso que había vuelto a ver al animal. Algunos interpretaron el suceso pensando que el monarca asociaba, quizás, al perro negro con la muerte.

Otra curiosidad del monasterio. Se trata de una pequeña sala oscura y sin ningún ornamento que encontramos después de visitar el panteón de Infantes en la parte oeste del edificio. Juan de Herrera consiguió que dos personas colocadas en ángulos opuestos pudieran conversar, sin chillar y con enorme claridad, mientras que los que estaban en medio no oían nada.

Aunque para muchos es un lugar espeluznante y poco conocido, el Pudridero Real encierra toda una historia llena de misterios. Para empezar solo son los agustinos los que pueden acceder a este espacio próximo al Panteón Real, donde los restos mortales de los miembros de la familia del rey, cubiertos de cal, permanecen durante más de 25 años tras una ceremonia que se repite desde hace siglos. El espacio, de unos 16 metros cuadrados, es vigilado por unos 50 frailes de la comunidad agustina que vive en el monasterio desde 1885. Nadie más puede entrar en el habitáculo.

Otro de los enigmas que encierra El Escorial tiene como protagonista al príncipe Carlos, primer hijo de Felipe II y de María Manuela de Portugal. El niño, nacido en 1545, tenía un carácter conflictivo y creció sin el calor materno pues su madre falleció tras el parto. Al príncipe se le definió como cabezota, mal estudiante y vicioso, pero sus problemas se acentuaron después de una caída por las escaleras. Los médicos le practicaron una trepanación que no impidió, sin embargo, sus continuos desequilibrios y tendencias suicidas.

Felipe II llegó a pensar que el joven conspiraba contra él y ordenó su encarcelamiento. Al cumplir los 23 años, el príncipe fue encontrado muerto y, aunque la versión oficial incidía en que la causa del fallecimiento era un atracón de comida tras haber emprendido una huelga de hambre, muchas fueron las conjeturas sobre si el rey asesinó a su hijo mientras estaba detenido. Nunca se confirmó esta teoría, pero sí quedó claro que el príncipe falleció en gran medida por su gran debilidad física.